В своей деятельности Экспертный совет руководствуется Конституцией Российской Федерации, федеральными законами, указами и распоряжениями Президента Российской Федерации, постановлениями и распоряжениями Правительства Российской Федерации, приказами и распоряжениями Федеральной антимонопольной службы, а также Положением о Совете.
Экспертный совет является консультативно-совещательным органом при Федеральной антимонопольной службе. Его решения имеют рекомендательный характер. Положение Об Экспертном совете утверждено приказом ФАС России от 10 июля 2006 года.
Председателем Экспертного совета назначен заместитель руководителя ФАС России Анатолий Голомолзин.